簡単にまとめると以下のようになります。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　全労働日に算入する日 　出勤日とみなされる日
（１）業務上災害による休業日　　　　　　　　○　　　　　　　　　　　　　○　　　　　　
（２）育児休業を取得した日　　　　　　　　 　 ○　　　　　　　　　　　　　○　
（３）産前産後休暇を取得した日　　　　　　　○　　　　　　　　　　　　　○
（４）介護休業を取得した日　　　　　　　　　　○　　　　　　　　　　　　　○
（５）休日労働日　　　　　　　　　　　　　　　　 ×　　　　　　　　　　　　　×
（６）年次有給休暇を取得した日　　　　　　　○　　　　　　　　　　　　　○
（７）会社所定の休暇日　　　　　　　　　　　労使協議　　　　　　　　労使協議
（８）休職期間中　　　　　　　　　　　　　　　 労使協議　　　　　　　　労使協議
（９）生理休暇を取得した日　　　　　　　　　労使協議　　　　　　　　労使協議

（注意）
文中の「労使協議」とは、原則労使の協議で「全労働日に算入する日」や「出勤日とみなされる日」とすることを決めることを指します。なお、「全労働日に算入する日」や「出勤日とみなされる日」については、会社が自由に決定してもよいという考えもあります。

『休日の振替』とは、あららじめ休日と定められた日を労働日として、そのかわりに他の労働日を休日とすることです。

ここで重要な点としては、「あらかじめ」という部分です。
事後的に別の日を休日とするのは『休日の振替』にはあたらず、一般的には『代休』と言っています。

『休日の振替』が適法に行われると、当該休日は休日でなくなり、通常の労働日となります。したがって、使用者は割増賃金を支払わなくてもよいことになります。

ただし、休日を振り替えたことによって、当該週の労働時間が法定労働時間を超える時は、その超えた時間は時間外労働となり、時間外労働に関する労使協定（36協定）及び割増賃金の支払いが必要である（昭22.11.27基発401号、昭63.3.14基発150号）